1、提升吸收和代谢能力
咖啡中含有数百种具有生物活性的植物化学物质，这些物质可以改善肠道微生物群，调节葡萄糖代谢和脂肪代谢，减轻氧化应激。
氧化应激会损伤我们的肠道，造成一些营养物质无法被吸收，同时也会导致一些有害物质进入体内，而咖啡中的一些植物化学物质就可以减轻氧化应激，保护我们的肠道，提升肠道的吸收和代谢能力。
2、提神醒脑
适量的（40～300 mg）咖啡因摄入可以减轻疲劳、提高清醒程度、缩短反应时间。当然，这是针对普通人而言。在精神疲劳或者警觉性不高的情况下，咖啡因可以让人兴奋，减轻疲劳，但是咖啡因不能弥补睡眠下降后导致的工作表现下降。
咖啡因虽然可以让你兴奋，减轻你的疲劳，但是其实我们的身体仍然是疲惫的，因为咖啡因只是“屏蔽”了大脑对疲惫的感知，减轻疲惫最根本的方法还是补充营养、休息与睡眠。
3、降低体重
咖啡因对体脂的小幅有益作用。代谢研究提示，咖啡因可以降低食欲，提高基础代谢率，并且通过食物引起的生热作用来改善人体的能量平衡。食欲减少，就意味着摄入的食物减少，而代谢率的提高就意味着能量消耗快，两相作用之下，体重自然会下降。
但是，饮用热量高的含咖啡因饮料也可能会导致体重增加，例如能量饮料、加糖的咖啡等。
4、预防结石病
患过结石病的人都知道结石的痛苦，而在这份文章中表明，咖啡可能对胆囊起到保护作用，降低胆结石的形成。文章中写到，饮用咖啡可抑制胆囊液体吸收、增加胆囊收缩素分泌和刺激胆囊收缩，从而防止胆固醇结石形成
5、对血压、血脂和心血管疾病无害
在这之前，我们得先了解什么是过滤咖啡和未过滤咖啡。简单来说，未过滤咖啡就是咖啡粉直接与热水长时间接触制作出来的咖啡；过滤咖啡就是通过一些过滤设备冲泡而成的咖啡。
在咖啡中含有一种能够提升胆固醇的化学物质，咖啡醇。相比较过滤咖啡，未过滤的咖啡中咖啡醇的浓度更高；而滴滤咖啡、速溶咖啡和渗滤咖啡中的咖啡醇浓度几乎可以忽略不计；espresso特浓咖啡和摩卡壶现煮咖啡中的咖啡醇浓度居中。
在随机试验中发现，饮用过滤的咖啡并未增加血清胆固醇水平。人体实验和队列研究表明，摄入咖啡因与心血管疾病风险降低相关。因此，适量饮用过滤咖啡对血压、血脂和心血管疾病是没有危害的。